En 1532, à Barcelone, Esteban, un orphelin d’une douzaine d’années qui semble être capable « d’appeler » le Soleil, accepte l’offre d’un mystérieux marin, Mendoza, de partir vers le Nouveau Monde afin de découvrir les légendaires Cités d'or. Il accepte, caressant l’espoir d’y retrouver son père, disparu lors d’un naufrage dix ans auparavant…

Au cours de ce voyage, le jeune garçon se lie d’amitié avec Zia une jeune Inca, et Tao, dernier descendant du peuple de Mu, habitant les îles Galápagos. Esteban et Zia découvrent qu’ils possèdent chacun un pendentif, les « médaillons du soleil », censés être les clés de ces « Mystérieuses Cités d’or » qu’ils chercheront tout au long de l’histoire. On leur apprend aussi une quête commune, celle de retrouver leur père respectif dont les destins sont liés aux Cités d’or. Ils découvriront Solaris, la puissante nef solaire légendaire de l’empire de Mu qui leur permettra de se rendre à Tumbes, puis le Grand Condor, un gigantesque oiseau volant en or massif qui leur permettra de parcourir l’Amérique du Sud et centrale. Malheureusement, ils seront poursuivis par l’Armada espagnole (et notamment le gouverneur Pizarro, le commandant Gomez ainsi que le capitaine Gaspard), les Urubus, Omuro (Amazone), puis Marinché, Tétéola et le docteur Fernando Laguerra et, pour finir, les Olmèques.